上海对地下水的开发利用由来已久，自英商在外滩开凿第一口深井，至今已有一百多年的历史。因地下水水质好、处理工艺相对简单，曾作为部分区域公共供水的主要水源。六十年代起，随着工业生产增长，因自来水供应能力有限，地下水开采量激增，年开采量一度保持在1.5亿m3以上。
九十年代初，由于城市建设增速及地下水大量开采等因素，地面沉降问题突显，引起了市政府的高度重视。“九五”期间，本市通过严格审批新建深井，强化成井质量管理，着力用水水平提高，加大地下水回灌力度等措施，年开采量从历史峰值的2亿m3控制到1亿m3以内，年回灌量保持在1500万m3，地下水水位回弹明显，地面年均沉降量控制在10毫米左右，较1990年同比减少了8毫米之多，有效地控制住深层地面沉降。
2000年后，本市以更加科学化、精细化的管理方式开展地下水超采治理工作，相继出台《关于进一步加强本市地下水管理的若干意见》《上海市取水许可和水资源费征收管理实施办法》《上海市地下水利用与保护规划》《上海市地下水应急供水水源规划》等各类法规、规划。通过水务人的不断努力，本市深化地下水应急供水体系研究，在高校、公园、应急救援站等场所建设了一批具有应急供水功能的采灌两用井，同时利用部分原有开采井改造为回灌井，结合本市地面沉降防治要求，开展地下水人工回灌工作，组建起本市的应急供水体系和地面沉降防治力量。
2011年本市首次实现了采灌总量平衡，随后回灌量逐年上升并大幅超过开采量。
2021年，由市供水管理事务中心牵头开展的《上海市地下水应急管控试点建设》项目，从提升应急水质、加强数据采集能力、实现智慧化控制三个方面，融合全市地下水的日常和应急管控要求，对现场设备设施进行工程改造，探索出一套符合国家和本市要求的地下水管控和建设模式，进一步提升了本市应急供水保障和地面沉降防治的能力和手段。
近年来，本市年均地下水开采量严格控制在500万m3以内，年回灌能力始终保持在2300万m3以上。通过典型监测井长期监测显示，自2011年以来，本市深部第二-第五含水层的水位均有大幅上升，最大上升幅度达到26米，地面年沉降量稳定在6毫米以内。
地下水超采治理，为上海的高质量和可持续发展打下了坚实的基础，地下水管理进入了新的时代，精细管控、科学管理的理念将深入运用到本市的地下水管理工作中，努力打造“人民城市”的幸福样本。
